Jared Simpson

@jaredtsimpson

Computational Biologist. Principal Investigator at OICR & Assistant Professor .

simpsonlab.github.io
S-a alăturat în septembrie 2009
7 fotografii și videoclipuri Fotografii și videoclipuri

Tweeturi

Ai blocat pe @jaredtsimpson

Sigur vrei să vezi aceste Tweeturi? Vizualizarea Tweeturilor nu va debloca utilizatorul @jaredtsimpson

  1. a redistribuit
    4 dec.

    Our preprint introducing >300 Gbp sequencing of microbial community standards is up! Of interest to anyone looking for juicy real data to put tools to the test. Amazing lab work & nice first paper with lab

    86 de redistribuiri 174 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  2. a redistribuit
    28 nov.

    Now available from : and with colleagues including and measured over 1,000,000,000 Cas9 editing outcomes, and thoroughly dissected the data. 1/

    49 de redistribuiri 94 de aprecieri
    Afișează acest fir
    Afișează acest fir
    Anulează acțiunea
  3. a redistribuit
    28 nov.

    lab with a beautiful paper:

    3 redistribuiri 1 apreciere
    Anulează acțiunea
  4. a redistribuit
    26 nov.

    High-Throughput Biology: From Sequence to Networks, 6-day course w/. Applications due 1/15. Instructors:

    18 redistribuiri 28 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  5. a redistribuit
    12 nov.

    Announcing a first release of methplotlib: a genome browser for methylation data from nanopolish by . Feedback and contributions more than welcome!

    98 de redistribuiri 165 de aprecieri
    Afișează acest fir
    Afișează acest fir
    Anulează acțiunea
  6. a redistribuit
    23 oct.

    Interested in a long-read assembler with the speed of miniasm and comparable consensus accuracy of canu? Try wtdbg2 by my friend Jue Ruan. A human genome in one day. Also available from bioconda.

    211 redistribuiri 342 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  7. a redistribuit
    21 oct.

    TT position available at U of Toronto in genomics and statistical genetics. Great community and colleagues here in Toronto. Potential opportunities for a link with . Please RT

    1 reply 56 de redistribuiri 28 de aprecieri
    Afișează acest fir
    Afișează acest fir
    Anulează acțiunea
  8. a redistribuit
    18 oct.

    I think this'll be our best promethion run so far! It just blew past 75Gb in 24hours with >2100 pores still sequencing and >96% pore occupancy

    1 reply 18 redistribuiri 38 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  9. a redistribuit
    18 oct.

    Sooo good! Using long-read sequencing to detect imprinted DNA methylation

    9 redistribuiri 14 aprecieri
    Anulează acțiunea
  10. a redistribuit
    16 oct.

    D-NAscent: dynamics by sequencing reveals on single-molecules replication origins, fork direction & fork pausing. Great collaboration

    34 de redistribuiri 53 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  11. 16 oct.

    We just posted a preprint on measuring genome replication by detecting nucleotide analogues incorporated into the yeast genome using signals. Work led by , and .

    1 reply 34 de redistribuiri 54 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  12. a redistribuit
    15 oct.

    Never imagined that the malloc in glibc affects the multithreaded performance by this much! :o Impact of malloc on call-methylation performance ...

    12 redistribuiri 29 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  13. 11 sept.

    New nanopolish release (0.10.2) containing the first public version of our poly-A tail length estimator for direct RNA reads: . Developed by Paul Tang in my group.

    90 de redistribuiri 158 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  14. a redistribuit
    3 aug.

    130.6 Gb from our first PromethION flowcell... The most exciting moment was realising we still had 7000 pores after 64 hours so fuelled it up and kicked it off again!

    54 de redistribuiri 159 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  15. 25 iul.

    nanopolish v0.10.1 released: this version changes the interface of the consensus polishing workflow so some pipelines may need to be updated. See the release notes here:

    1 reply 69 de redistribuiri 106 aprecieri
    Anulează acțiunea
  16. a redistribuit
    24 iul.

    Slides from my talk on "k-mer Data Structures" at :

    38 de redistribuiri 90 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  17. a redistribuit
    20 iul.

    Received a nice NanoPlot feature suggestion from : evolution of sequencing speed across time. Here is an example of one of our PromethION runs. Available in v1.15.0 from PyPI

    12 redistribuiri 36 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  18. a redistribuit
    20 iul.

    Come work with us and help build the foundation for a Canadian approach to national genomics research!

    Backend Developer - CanDIG -
    1 reply 3 redistribuiri 7 aprecieri
    Afișează acest fir
    Afișează acest fir
    Anulează acțiunea
  19. a redistribuit
    8 iul.

    Week end fun : Ecoli consensus and chr22 methylation detection using on my mobile phone for some reads (Includes minimap2 and samtools).

    14 redistribuiri 29 de aprecieri
    Anulează acțiunea
  20. a redistribuit
    5 iul.

    Meet us at : talks on diploid assembly () and on using Strand-seq to sort long reads by chromosome prior to assembly (). Two posters: sequence-to-graph alignment and haplotype phasing. Also, we are LOOKING FOR POSTDOCS.

    1 reply 16 redistribuiri 28 de aprecieri
    Anulează acțiunea

@jaredtsimpson nu a dat niciun Tweet încă.

Încărcarea pare că durează ceva timp.

Este posibil ca Twitter să fie suprasolicitat momentan sau să întâmpine mici probleme. Încearcă din nou sau vizitează Starea Twitter pentru mai multe informații.

    S-ar putea să-ți placă și

    ·