Jared Simpson

@jaredtsimpson

Computational Biologist. Principal Investigator at OICR & Assistant Professor .

simpsonlab.github.io
2009年9月に登録
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  1. さんがリツイート
    12月4日

    Our preprint introducing >300 Gbp sequencing of microbial community standards is up! Of interest to anyone looking for juicy real data to put tools to the test. Amazing lab work & nice first paper with lab

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  2. さんがリツイート
    11月28日

    Now available from : and with colleagues including and measured over 1,000,000,000 Cas9 editing outcomes, and thoroughly dissected the data. 1/

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  3. さんがリツイート
    11月28日

    lab with a beautiful paper:

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  4. さんがリツイート
    11月26日

    High-Throughput Biology: From Sequence to Networks, 6-day course w/. Applications due 1/15. Instructors:

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  5. さんがリツイート
    11月12日

    Announcing a first release of methplotlib: a genome browser for methylation data from nanopolish by . Feedback and contributions more than welcome!

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  6. さんがリツイート
    10月23日

    Interested in a long-read assembler with the speed of miniasm and comparable consensus accuracy of canu? Try wtdbg2 by my friend Jue Ruan. A human genome in one day. Also available from bioconda.

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  7. さんがリツイート
    10月21日

    TT position available at U of Toronto in genomics and statistical genetics. Great community and colleagues here in Toronto. Potential opportunities for a link with . Please RT

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  8. さんがリツイート
    10月18日

    I think this'll be our best promethion run so far! It just blew past 75Gb in 24hours with >2100 pores still sequencing and >96% pore occupancy

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  9. さんがリツイート
    10月18日

    Sooo good! Using long-read sequencing to detect imprinted DNA methylation

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  10. さんがリツイート
    10月16日

    D-NAscent: dynamics by sequencing reveals on single-molecules replication origins, fork direction & fork pausing. Great collaboration

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  11. 10月16日

    We just posted a preprint on measuring genome replication by detecting nucleotide analogues incorporated into the yeast genome using signals. Work led by , and .

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  12. さんがリツイート
    10月15日

    Never imagined that the malloc in glibc affects the multithreaded performance by this much! :o Impact of malloc on call-methylation performance ...

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  13. 9月11日

    New nanopolish release (0.10.2) containing the first public version of our poly-A tail length estimator for direct RNA reads: . Developed by Paul Tang in my group.

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  14. さんがリツイート
    8月3日

    130.6 Gb from our first PromethION flowcell... The most exciting moment was realising we still had 7000 pores after 64 hours so fuelled it up and kicked it off again!

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  15. 7月25日

    nanopolish v0.10.1 released: this version changes the interface of the consensus polishing workflow so some pipelines may need to be updated. See the release notes here:

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  16. さんがリツイート
    7月24日

    Slides from my talk on "k-mer Data Structures" at :

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  17. さんがリツイート
    7月20日

    Received a nice NanoPlot feature suggestion from : evolution of sequencing speed across time. Here is an example of one of our PromethION runs. Available in v1.15.0 from PyPI

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  18. さんがリツイート
    7月20日

    Come work with us and help build the foundation for a Canadian approach to national genomics research!

    Backend Developer - CanDIG -
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  19. さんがリツイート
    7月8日

    Week end fun : Ecoli consensus and chr22 methylation detection using on my mobile phone for some reads (Includes minimap2 and samtools).

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  20. さんがリツイート
    7月5日

    Meet us at : talks on diploid assembly () and on using Strand-seq to sort long reads by chromosome prior to assembly (). Two posters: sequence-to-graph alignment and haplotype phasing. Also, we are LOOKING FOR POSTDOCS.

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