Jared Simpson

@jaredtsimpson

Computational Biologist. Principal Investigator at OICR & Assistant Professor .

simpsonlab.github.io
가입일: 2009년 9월
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  1. 님이 리트윗했습니다
    12월 4일

    Our preprint introducing >300 Gbp sequencing of microbial community standards is up! Of interest to anyone looking for juicy real data to put tools to the test. Amazing lab work & nice first paper with lab

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  2. 님이 리트윗했습니다
    11월 28일

    Now available from : and with colleagues including and measured over 1,000,000,000 Cas9 editing outcomes, and thoroughly dissected the data. 1/

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  3. 님이 리트윗했습니다
    11월 28일

    lab with a beautiful paper:

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  4. 님이 리트윗했습니다
    11월 26일

    High-Throughput Biology: From Sequence to Networks, 6-day course w/. Applications due 1/15. Instructors:

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  5. 님이 리트윗했습니다
    11월 12일

    Announcing a first release of methplotlib: a genome browser for methylation data from nanopolish by . Feedback and contributions more than welcome!

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  6. 님이 리트윗했습니다
    10월 23일

    Interested in a long-read assembler with the speed of miniasm and comparable consensus accuracy of canu? Try wtdbg2 by my friend Jue Ruan. A human genome in one day. Also available from bioconda.

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  7. 님이 리트윗했습니다
    10월 21일

    TT position available at U of Toronto in genomics and statistical genetics. Great community and colleagues here in Toronto. Potential opportunities for a link with . Please RT

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  8. 님이 리트윗했습니다
    10월 18일

    I think this'll be our best promethion run so far! It just blew past 75Gb in 24hours with >2100 pores still sequencing and >96% pore occupancy

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  9. 님이 리트윗했습니다
    10월 18일

    Sooo good! Using long-read sequencing to detect imprinted DNA methylation

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  10. 님이 리트윗했습니다
    10월 16일

    D-NAscent: dynamics by sequencing reveals on single-molecules replication origins, fork direction & fork pausing. Great collaboration

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  11. 10월 16일

    We just posted a preprint on measuring genome replication by detecting nucleotide analogues incorporated into the yeast genome using signals. Work led by , and .

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  12. 님이 리트윗했습니다
    10월 15일

    Never imagined that the malloc in glibc affects the multithreaded performance by this much! :o Impact of malloc on call-methylation performance ...

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  13. 9월 11일

    New nanopolish release (0.10.2) containing the first public version of our poly-A tail length estimator for direct RNA reads: . Developed by Paul Tang in my group.

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  14. 님이 리트윗했습니다
    8월 3일

    130.6 Gb from our first PromethION flowcell... The most exciting moment was realising we still had 7000 pores after 64 hours so fuelled it up and kicked it off again!

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  15. 7월 25일

    nanopolish v0.10.1 released: this version changes the interface of the consensus polishing workflow so some pipelines may need to be updated. See the release notes here:

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  16. 님이 리트윗했습니다
    7월 24일

    Slides from my talk on "k-mer Data Structures" at :

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  17. 님이 리트윗했습니다
    7월 20일

    Received a nice NanoPlot feature suggestion from : evolution of sequencing speed across time. Here is an example of one of our PromethION runs. Available in v1.15.0 from PyPI

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  18. 님이 리트윗했습니다
    7월 20일

    Come work with us and help build the foundation for a Canadian approach to national genomics research!

    Backend Developer - CanDIG -
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  19. 님이 리트윗했습니다
    7월 8일

    Week end fun : Ecoli consensus and chr22 methylation detection using on my mobile phone for some reads (Includes minimap2 and samtools).

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  20. 님이 리트윗했습니다
    7월 5일

    Meet us at : talks on diploid assembly () and on using Strand-seq to sort long reads by chromosome prior to assembly (). Two posters: sequence-to-graph alignment and haplotype phasing. Also, we are LOOKING FOR POSTDOCS.

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