מערכת החינוך העל יסודי בירושלים כוללת בתי ספר: ממלכתיים, ממלכתיים-דתיים וממלכתיים-חרדיים בכיתות ז' עד י"ב.מטה החינוך העל יסודי פועל בשיתוף עם משרד החינוך ומפקחיו ומקיים קשר רציף עם מנהלי בתי הספר במטרה להעצים אותם, לשפר את רמת הלימודים ולדאוג לאקלים חינוכי וערכי מיטבי.
מטפל ברישום ושיבוץ תלמידים בחטיבות הביניים, בקרה על הביקור הסדיר בבתי הספר, הפעלת תכניות חינוכיות, לימודיות ותרבותיות המותאמות לצרכים של אוכלוסיות שונות בבתי הספר, הקצאת תקנים לבתי הספר העל יסודיים והקצאת תקציבי הצטיידות וטיפול במבני בתי הספר.
