Daniel Gaffney

@danjgaffney

Group leader at Sanger Institute.

Cambridge, UK
sanger.ac.uk/science/groups…
ಸೆಪ್ಟೆಂಬರ್ 2012 ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸೇರಿದ್ದಾರೆ
20 ಫೋಟೋಗಳು ಅಥವಾ ವೀಡಿಯೋಗಳು ಫೋಟೋಗಳು ಮತ್ತು ವೀಡಿಯೋಗಳು

ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳು

ನೀವು @danjgaffney ಅವರನ್ನು ತಡೆಹಿಡಿದಿರುವಿರಿ

ಈ ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು ನೀವು ಖಚಿತವಾಗಿ ಬಯಸುವಿರಾ? ಟ್ವೀಟ್ ವೀಕ್ಷಣೆಯು @danjgaffney ಅವರ ತಡೆತೆರವುಗೊಳಿಸುವುದಿಲ್ಲ

  1. 23 ಗಂಟೆಗಳ ಹಿಂದೆ

    giant alien-octopus-monster 2020

    All I want for Christmas is for that giant alien-octopus-monster from Watchmen to suddenly appear and make everything better cc
    3ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  2. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 18

    New from the lab. We identified trans- in stimulated /macrophages including risk allele in CLU and MS4A loci influencing distal expression of type 1 , complement and myeloid genes.

    Tensor Decomposition of Stimulated Monocyte and Macrophage Gene Expression Profiles Identifies Neurodegenerative Disease-specific Trans-eQTLs
    1 reply 20 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 31ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  3. ಡಿಸೆಂ 7

    Postdoc in our group available now! Combining IPSC tech with single cell sequencing is a really powerful way of doing population genetics in cells. If this sounds like something you'd be interested please get in touch:

    27 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 28ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  4. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 4

    I am not going to disclose how long it took us to bring this one to the finish line. Let's just say that we collected these data from frozen tissues before we established the comparative iPSC panel. If you know our work you can do the math...

    4 replies 31 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 88ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  5. ಡಿಸೆಂ 3

    Great opportunity to get in on the ground floor of what will be a really fun, exciting lab!

    We'll soon be advertising three new roles, so if you're a postdoc with a computational PhD (or will be soon), or a bioinformatics or statistics Honours graduate, please get in touch! Tell your postdocs, students, friends! More info: /
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    2 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 6ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  6. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 24

    Put expression in its context! A postdoc position is open in collaboration with John Marioni, and as part of the to integrate microscopy data with single cell sequencing.

    We are recruiting a postdoc to develop image analysis approaches for large spatial txn datasets! A great collaboration with the groups of John Marioni and . Come join our efforts! Please RT
    21 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 15ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  7. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 26

    Flexible statistical methods for estimating and testing effects in genomic studies with multiple conditions (Urbut et al.)

    101 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 192ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  8. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 26

    New lab paper is up. StructLMM is a method to jointly test for genotype-environment interactions using tens or hundreds of exposures. Yields new GxE signals for BMI and gene expression traits. By and ⁦⁩ with Barroso lab at Sanger.

    29 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 51ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  9. ನವೆಂ 26

    All our raw data are deposited in the ENA, accession ERP110508, and a full set of summary stats is here:

    4ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  10. ನವೆಂ 26

    Finally: some updated links - the model code is here: , please have a play and submit an issue if you find one

    1 reply 2ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  11. ನವೆಂ 26

    One question we had: are interactions that span TAD boundaries real? This was partly down to subtleties of how TAD boundary is defined. There are a handful of cases, strongly supported by ASE, that span TAD boundaries, but they’re rare (0.2% of all interactions)

    1 reply 3ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  12. ನವೆಂ 26

    Another suggestion was to test the model using simulations. The upshot: it does pretty OK until you start to have complicated scenarios with multiple causal variants acting in different ways on both peaks.

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  13. ನವೆಂ 26

    One nice example: effect directions are highly concordant between pairs of peaks that are predicted by our model to be causally interacting, but random for those predicted in be driven by two independent causal variants (Fig 2D, E)

    1 reply 2ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  14. ನವೆಂ 26

    The main comment from the reviewers was that we needed to try a few different ways of computationally validating our results. Ultimately, this lead us to include an entirely new figure (2) with these results.

    1 reply 2ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  15. ನವೆಂ 26

    Now that this is out, I thought it would be nice to update our earlier thread () and describe how things changed during peer review. This was one of the most productive reviews I’ve experienced with lots of great suggestions from our reviewers.

    High-resolution genetic mapping of putative causal interactions between regions of open chromatin (Kumasaka et al.)
    2 replies 48 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 136ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  16. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 16

    Two weeks left to apply!

    A computational postdoc position open with and myself at and the new Zayed Centre for Rare Disease. Functional genomics, gene regulation, iPSC-based disease models, single-cell transcriptomics.. fun stuff! Apply by Nov 30th:
    13 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 4ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  17. ನವೆಂ 15

    Best tweet of today so far

    Elon Musk has arrived at 10 Downing Street with a submarine
    1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 6ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  18. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 14

    Our article is out in . We use single-cell transcriptomics and our new database for ligands and receptor -cellphonedb.org- to study the communication between the fetus and the mother during early pregnancy 👇

    ಈ ಟ್ವೀಟ್ ಲಭ್ಯವಿಲ್ಲ.
    19 replies 205 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 779ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  19. ನವೆಂ 13

    I would normally say this is “hammer thinks everything is a nail” syndrome. But it really is all about macrophages guys.

    I'm slowly becoming that scientist who thinks everything in the world can be reduced to the *ONE* thing we study. P:Cancer is bad Me: have you thought about targeting macrophages? P: My car isn't working Me: But have you thought about making a new one with macrophages?
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    8ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  20. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 5

    Interested in single-cell transcriptomics, cell-cell communication, immune system or/and placental/decidual microenvironment? join us tomorrow 3pm uk time :-) Single-Cell Reconstruction of the Human Early Maternal-Fetal Interface

    26 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 39ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು

@danjgaffney ಅವರು ಇನ್ನೂ ಟ್ವೀಟ್ ಮಾಡಿಲ್ಲ.

ಲೋಡಿಂಗ್ ಸಮಯ ಸ್ವಲ್ಪ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತಿರುವಂತೆನಿಸುತ್ತದೆ.

Twitter ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮೀರಿರಬಹುದು ಅಥವಾ ಕ್ಷಣಿಕವಾದ ತೊಂದರೆಯನ್ನು ಅನುಭವಿಸುತ್ತಿರಬಹುದು. ಮತ್ತೆ ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗೆ Twitter ಸ್ಥಿತಿಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿ.

    ಇದನ್ನೂ ಸಹ ನೀವು ಇಷ್ಟಪಡಬಹುದು

    ·