Jacob Pritt

@jacob_pritt

ಆಗಸ್ಟ್ 2015 ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸೇರಿದ್ದಾರೆ
0 ಫೋಟೋ ಅಥವಾ ವೀಡಿಯೋ ಫೋಟೋಗಳು ಮತ್ತು ವೀಡಿಯೋಗಳು

ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳು

ನೀವು @jacob_pritt ಅವರನ್ನು ತಡೆಹಿಡಿದಿರುವಿರಿ

ಈ ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು ನೀವು ಖಚಿತವಾಗಿ ಬಯಸುವಿರಾ? ಟ್ವೀಟ್ ವೀಕ್ಷಣೆಯು @jacob_pritt ಅವರ ತಡೆತೆರವುಗೊಳಿಸುವುದಿಲ್ಲ

  1. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಮೇ 1

    5/ HISAT2 (by ) is quite practical (); running time & memory increase by ~50% going from 0% of 1KG variants (linear) to top 8% (graph). FORGe sw: . HISAT2 indexes we built for human: ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/langmead/forge

    3 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 10ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  2. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಮೇ 1

    4/ Improvements vary depending on genome feature; more benefit accrues to more repetitive genomic features. MHC benefits a lot (fig). Also see benefit, though a modest one, to selecting variants in ethnicity-specific way.

    1 reply 4 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 8ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  3. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಮೇ 1

    3/ Best FORGe+HISAT2 (by ) graphs perform better than linear ref, all-major-allele (linear) ref, and typical HISAT2-generated graph. On single chromosome, comes rather close to accuracy of "ideal" personalized index. Also reduces reference bias (fig).

    1 reply 3 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 5ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  4. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಮೇ 1

    2/ FORGe models and scores each variant according to pros/cons. Starting from 1kGenomes call set, including top 6-12% of variants yields best alignment accuracy; including much less (or more!) reduces accuracy.

    1 reply 4 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 7ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  5. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಮೇ 1

    1/ FORGe by : . Adding variants to graph genomes has pros & cons. Pro: removes mismatch penalty for known variants. Con: makes genome more repetitive and increases time/memory required to index/align.

    1 reply 24 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 31ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  6. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಜುಲೈ 19,2016

    Algorithms for DNA Sequencing among ’s Top 50 MOOCs of All Time!

    19 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 32ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  7. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಜೂನ್ 2,2016

    Wanted: computational postdoc to join our renegade comp genomics crew

    1 reply 36 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 15ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  8. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಫೆಬ್ರವರಿ 22,2016

    Boiler: Lossy compression of RNA-seq alignments using coverage vectors

    20 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 20ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  9. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಫೆಬ್ರವರಿ 12,2016

    New Bowtie 2 release (2.2.7) with parallel index building, thanks to !

    21 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 34ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  10. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಜನವರಿ 4,2016

    Rail-RNA on dirt-cheap :

    4 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 7ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  11. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 14,2015

    Algs for DNA Seq (, ) made it to 's top 10 MOOCs of 2015!

    8 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 22ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  12. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 6,2015

    18 start this week. You'll never guess the most popular!

    2 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 2ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು

@jacob_pritt ಅವರು ಇನ್ನೂ ಟ್ವೀಟ್ ಮಾಡಿಲ್ಲ.

ಲೋಡಿಂಗ್ ಸಮಯ ಸ್ವಲ್ಪ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತಿರುವಂತೆನಿಸುತ್ತದೆ.

Twitter ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮೀರಿರಬಹುದು ಅಥವಾ ಕ್ಷಣಿಕವಾದ ತೊಂದರೆಯನ್ನು ಅನುಭವಿಸುತ್ತಿರಬಹುದು. ಮತ್ತೆ ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗೆ Twitter ಸ್ಥಿತಿಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿ.

    ಇದನ್ನೂ ಸಹ ನೀವು ಇಷ್ಟಪಡಬಹುದು

    ·