La labor de la FUNCI se centra en fomentar el respeto y el reconocimiento de la cultura islámica, reflejada en un patrimonio histórico único, valorando su contribución, desde una perspectiva armónica, al florecimiento de la cultura universal. De forma paralela, reivindica la importancia de integrar esta civilización en la formulación de respuestas óptimas a los desafíos que demanda la sociedad actual. En el marco de la cooperación, la FUNCI tiene por objetivo contribuir al desarrollo sostenible de la región mediterránea.

La FUNCI, como entidad especializada en impulsar el diálogo intercultural y preservar el patrimonio como factor de desarrollo, incluye entre sus fines rectores la coordinación de las acciones y objetivos propios del trabajo en red. Para ello, impulsa iniciativas creativas y genera modelos alternativos con un enfoque integrador. Destacan acciones como la constitución de la red Med-O-Med con 23 países mediterráneos, el lanzamiento de la Recomendación 1162 del Consejo de Europa, el Primer Manifiesto contra la islamofobia y otras relacionadas con la defensa de los DDHH y la gobernanza.