decontam is a useful way to screen for contaminants using the DNA quantitation data you are already collecting, but not using. decontam can also make use of negative controls if you have them, but they are not required.
ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
The decontam method introduced in our new @MicrobiomeJ paper is available as an R package via Bioconductor and has an annotated tutorial.
Bioconductor: https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/decontam.html …
Tutorial: https://benjjneb.github.io/decontam/vignettes/decontam_intro.html …
Manuscript:https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-018-0605-2 …
-
-
ಧನ್ಯವಾದಗಳು. Twitter ಇದನ್ನು ನಿಮ್ಮ ಕಾಲರೇಖೆಯನ್ನು ಉತ್ತಮಗೊಳಿಸಲು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ರದ್ದುಗೊಳಿಸುರದ್ದುಗೊಳಿಸು
-
-
-
Thanks for this! Have you guys tested with ATCC or Zymo community standards as controls for metagenomic seqs?
-
We have focused on using negative controls and/or the natural variation in DNA concentrations in your samples to identify contaminants. We haven't used "positive controls" such as mocks for this purpose. Possibly
@AmyDWillis has considered? -
We use a mock community (home-brewed) routinely. You can have weird runs where a single common OTU is missing, usually they're on the edge of acceptability of run quality. Without a mock positive hard to spot, particularly if it's not a multi-run project.
ಸಂವಾದದ ಮುಕ್ತಾಯ
ಹೊಸ ಸಂವಾದ -
-
-
I have already used it and found it very helpful. Thanks and keep up the interesting work
ಧನ್ಯವಾದಗಳು. Twitter ಇದನ್ನು ನಿಮ್ಮ ಕಾಲರೇಖೆಯನ್ನು ಉತ್ತಮಗೊಳಿಸಲು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ರದ್ದುಗೊಳಿಸುರದ್ದುಗೊಳಿಸು
-
-
-
Used it in a few projects already, great tool!
ಧನ್ಯವಾದಗಳು. Twitter ಇದನ್ನು ನಿಮ್ಮ ಕಾಲರೇಖೆಯನ್ನು ಉತ್ತಮಗೊಳಿಸಲು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ರದ್ದುಗೊಳಿಸುರದ್ದುಗೊಳಿಸು
-
ಲೋಡಿಂಗ್ ಸಮಯ ಸ್ವಲ್ಪ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತಿರುವಂತೆನಿಸುತ್ತದೆ.
Twitter ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮೀರಿರಬಹುದು ಅಥವಾ ಕ್ಷಣಿಕವಾದ ತೊಂದರೆಯನ್ನು ಅನುಭವಿಸುತ್ತಿರಬಹುದು. ಮತ್ತೆ ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗೆ Twitter ಸ್ಥಿತಿಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿ.