Lisa K. Johnson

@monsterbashseq

Comparative , labs💻+🐟🐠🐡, PhD candidate , fan of Krogh's principle, , occasional cellist

Davis, CA
ljcohen.github.io/blog/
ಮಾರ್ಚ್ 2015 ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸೇರಿದ್ದಾರೆ
108 ಫೋಟೋಗಳು ಅಥವಾ ವೀಡಿಯೋಗಳು ಫೋಟೋಗಳು ಮತ್ತು ವೀಡಿಯೋಗಳು

ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳು

ನೀವು @monsterbashseq ಅವರನ್ನು ತಡೆಹಿಡಿದಿರುವಿರಿ

ಈ ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು ನೀವು ಖಚಿತವಾಗಿ ಬಯಸುವಿರಾ? ಟ್ವೀಟ್ ವೀಕ್ಷಣೆಯು @monsterbashseq ಅವರ ತಡೆತೆರವುಗೊಳಿಸುವುದಿಲ್ಲ

  1. ಪಿನ್ ಮಾಡಿದ ಟ್ವೀಟ್
    ಡಿಸೆಂ 13

    My first first-author paper from my PhD is out, and it won the prize. Thank you! Re-assembling 678 transcriptomes was a fun & challenging project. Big thanks to .

    Reprocessing the Microbial Genomic Goldmine. New work just out from & winner of our Prize
    7 replies 22 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 63ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  2. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    19 ಗಂಟೆಗಳ ಹಿಂದೆ

    Long term bet with . He thinks that in the next 5 years the following can happen: Any new genome can be sequenced: 1) Under $10k 2) Chromosome level assembly 3) >90% reads on chromosomes 4) accuracy >Q40 5) genomes under 10Gb 6) tetraploid or under What do you think?

    3 replies 4 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 4ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  3. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 17

    "Teaching old new tricks!" Morning coffee read fr/2 of my favorite scientists . & Reassembly, qual eval, & annot - 678 microbial euk ref transcriptomes - fr/. and 'giga' in size it is, congrats on the award!

    2 replies 4 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 6ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  4. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 14

    Bioinformatics workbook we are working on has a new look! Check it out.

    3 replies 24 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 51ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  5. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 14

    Meet the GigaScience Prize Winner, Pt. 2. Q&A with on the technical & cultural challenges experienced in her work

    3 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 5ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  6. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 14

    The MMETSP transcriptome project includes quite a few strains from the RCC. A very useful resource. List of RCC strains with transcriptomes :

    My first first-author paper from my PhD is out, and it won the prize. Thank you! Re-assembling 678 transcriptomes was a fun & challenging project. Big thanks to .
    3 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 3ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  7. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 13

    And while you are at it checkout our accompanying commentary piece on reproducibility and the value in reanalysis:

    4 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 3ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  8. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 13

    Not everyone can say that their first first-author paper won a prize! Congratulations ! Check out the paper here: And a nice announcement on the ICG13 Prize here:

    My first first-author paper from my PhD is out, and it won the prize. Thank you! Re-assembling 678 transcriptomes was a fun & challenging project. Big thanks to .
    1 reply 2 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 13ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  9. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 13

    With too!! This is about our reassembly & reannotation of ~700 microbial eukaryotic transcriptomes.

    Reprocessing the Microbial Genomic Goldmine. New work just out from & winner of our Prize
    5 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 7ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  10. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 12

    In time for the long winter evenings: a new version of repo2docker - it turns code repositories into Jupyter or RStudio enabled Docker Images. `pip install jupyter-repo2docker` 🎉 thanks everyone for your help building this!

    39 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 92ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  11. ಡಿಸೆಂ 9

    (16 killifish transcriptome assemblies used up the entirety of my large memory XSEDE allocation, so I submitted roughly this progress report w a request for more compute)

    Does the newer version of Trinity (v2.8.4) assembler produce better transcriptomes than the older (v2.2.0) one?
    1 reply 4 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 11ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  12. ಡಿಸೆಂ 9

    Does the newer version of Trinity (v2.8.4) assembler produce better transcriptomes than the older (v2.2.0) one?

    2 replies 23 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 45ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  13. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 8

    My hot take on this paper -- comments welcome! (apologies for URL & broken links, I'm moving my blog to a new host and DNS hasn't updated yet)

    Missed my talk at ? Read the preprint on our rumen microbiome assemblies! Complete single contig microbial genomes from long reads.
    2 replies 17 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 25ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  14. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 6
    ಅವರು ಮತ್ತು

    Yup. Did it take ages? Yes, yes it did.

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 1 ಇಷ್ಟ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  15. ಡಿಸೆಂ 5

    Starting to explore output from Orthofinder and 17 species of killifish. So far pretty great to run, Thanks! [blog post] cc

    It's been a lot of work, but the preprint for OrthoFinder2 is now out! It infers orthogroups for your species, the complete set of gene trees and uses these to identify all orthologues and gene duplication events.
    8 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 13ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  16. ಡಿಸೆಂ 4

    Great to see publicly-shared PromethION data! Nice job,

    Our preprint introducing >300 Gbp sequencing of microbial community standards is up! Of interest to anyone looking for juicy real data to put tools to the test. Amazing lab work & nice first paper with lab
    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 8ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  17. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 4

    Ultra-deep, long-read nanopore sequencing of mock microbial community standards

    49 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 64ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  18. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 21

    Shameless plug: my starfish opsin paper was published last week

    4 replies 28 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 68ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  19. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಅಕ್ಟೋ 17

    So, we wrote a review about RNA-seq expression / DE analysis. Tried to capture an "overall view" though it's geared toward DE. Just a draft at this point, so feedback is welcome. And my apologies in advance for papers we've missed; please let us know.

    8 replies 101 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 191ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  20. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 15

    Me: I desperately want a career in academia, but I look at what you do, and I just can’t do that. PhD advisor: Of course you can’t… What followed was so impactful and empowered me to start dismantling my biggest career barrier. Maybe it can help you too:

    90 replies 1,291 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 3,477ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು

@monsterbashseq ಅವರು ಇನ್ನೂ ಟ್ವೀಟ್ ಮಾಡಿಲ್ಲ.

ಲೋಡಿಂಗ್ ಸಮಯ ಸ್ವಲ್ಪ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತಿರುವಂತೆನಿಸುತ್ತದೆ.

Twitter ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮೀರಿರಬಹುದು ಅಥವಾ ಕ್ಷಣಿಕವಾದ ತೊಂದರೆಯನ್ನು ಅನುಭವಿಸುತ್ತಿರಬಹುದು. ಮತ್ತೆ ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗೆ Twitter ಸ್ಥಿತಿಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿ.

    ಇದನ್ನೂ ಸಹ ನೀವು ಇಷ್ಟಪಡಬಹುದು

    ·