brent pedersen

@brent_p

computational biologist at UU in Quinlan Lab. coffee addict. recovering endurance athlete. humanist.

Salt Lake City, UT
github.com/brentp
ಅಕ್ಟೋಬರ್ 2008 ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸೇರಿದ್ದಾರೆ
44 ಫೋಟೋಗಳು ಅಥವಾ ವೀಡಿಯೋಗಳು ಫೋಟೋಗಳು ಮತ್ತು ವೀಡಿಯೋಗಳು

ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳು

ನೀವು @brent_p ಅವರನ್ನು ತಡೆಹಿಡಿದಿರುವಿರಿ

ಈ ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು ನೀವು ಖಚಿತವಾಗಿ ಬಯಸುವಿರಾ? ಟ್ವೀಟ್ ವೀಕ್ಷಣೆಯು @brent_p ಅವರ ತಡೆತೆರವುಗೊಳಿಸುವುದಿಲ್ಲ

  1. 23 ಗಂಟೆಗಳ ಹಿಂದೆ

    I wrapped variantkey () in nim here: allows en/de-coding chrom,pos,ref,alt as uint64. I'll have a lib that makes use of this available for use soon.

    5 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 19ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  2. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 14

    Rewritten csvtk stats: summary stats of digital fields (supports groupby). Thanks for lots of feature suggestion on csvtk. csvtk does not try to do all things that can be done by R/Pandas, you can use it for fast investigation in shell.

    7 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 15ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  3. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 13

    Our preprint for svtools, the Hall Lab's suite of python utilities for making SV callsets, is finally out. Built off of excellent work from Haley Abel, , , Niel Das, , and .

    1 reply 31 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 47ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  4. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 10

    Congrats , , and !!

    1 reply 6 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 12ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  5. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 10
    ಅವರಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸುತ್ತಿದ್ದಾರೆ

    Thx for reading. CLAMMS and popSV show that appropriate reference selection improves accuracy of CNV detection. Agreed and cited (CLAMMS). But they don’t provide comparison of selection strategies and their computational complexities. This is the core of our study.

    1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 2ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  6. ನವೆಂ 28

    after the recent paper on paternal mtDNA inheritance () I wrote a quick hts-nim program to check for this in a 600 sample cohort. The code is here: and it makes this plot, so maybe some low level heteroplasmy in 1 (red) sample.

    2 replies 3 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 17ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  7. ನವೆಂ 27

    nice tweet-thread and ICYMI, the title of the paper is "Naught all zeros in sequence count data are the same".

    Our new preprint dealing with zero values in sequence count data is now on bioRxiv. A few notable points: 1) Zero-inflated models are probably not doing what you expect. We suggest extreme caution in their use. 2)...
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 12ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  8. ನವೆಂ 26

    "To our knowledge, this work is the first attempt to assess the impact of reference sample set selection on CNV detection performance" doesn't popSV do this? and CLAMMS () ?

    Clustering-based optimization method of reference set selection for improved CNV callers performance
    5 replies 2 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 15ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  9. ನವೆಂ 21

    pretty nice idea for encoding chr, pos, ref, alt as a single 64 bit integer.

    VariantKey - A Reversible Numerical Representation of Human Genetic Variants:
    1 reply 12 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 38ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  10. ನವೆಂ 20

    latest release of mosdepth has a --fast-mode that can calculate per-base coverage for a 30X cram in < 6 CPU-minutes. fast-mode does not correct for mate overlap and does not look at Del, Ins cigar operations. This may be preferable for CNV, SV stuffs

    11 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 34ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  11. ನವೆಂ 19

    new release of smoove for calling SVs is out with major improvement from that reduce memory-usage and improve speed for previously problematic samples.

    6 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 27ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  12. ನವೆಂ 15

    note to self: just write software that works

    @ctitusbrown ಅವರಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸುತ್ತಿದ್ದಾರೆ
    : "I think support isn't a critical thing ... rather, it's the lack of need for support that's important". "a key thing is that software or a data format does a clean job correctly, that it works" [PMID:24104757].
    2 replies 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 15ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  13. ನವೆಂ 9

    duphold manuscript is up on biorxiv: it's a simple tool, but we show that it can drop the number of false positives to 1/3rd simply using depth data. (with )

    1 reply 15 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 48ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  14. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 9

    duphold: scalalable, depth-based annotation and curation of high-confidence structural variant calls.

    7 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 15ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  15. ನವೆಂ 8

    " We assign the probabilistic likelihood of rare variants by assessing the probability that a recurrent mutation within a gene of a given coding length would happen by chance in a group of individuals of a given size. "

    1 reply 1 ಇಷ್ಟ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  16. ನವೆಂ 8

    well, this seems like a nice idea:

    1 reply 3 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 19ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  17. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಅಕ್ಟೋ 18

    Learn more about SV benchmark at poster 1648/T from 3-4pm today: How well can you detect structural variants: Towards a standard framework to benchmark human structural variation. Poster at . Draft SVs at

    15 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 29ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  18. ಅಕ್ಟೋ 18

    just updated the duphold repo with accuracy info from the SV truthset. Using a simple filter on duphold annotations can retain > 99% of true deletions and remove >60% of FPs.

    1 reply 6 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 17ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  19. ಅಕ್ಟೋ 16

    is there a C library + API for compressing 16 bit integers with liberal license? I've seen the 32 bit stuff from and turboPFOR

    2 replies 2 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 3ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  20. ಅಕ್ಟೋ 15

    calling SVs? new smoove release is out with improved sensitivity.

    1 reply 9 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 24ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು

@brent_p ಅವರು ಇನ್ನೂ ಟ್ವೀಟ್ ಮಾಡಿಲ್ಲ.

ಲೋಡಿಂಗ್ ಸಮಯ ಸ್ವಲ್ಪ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತಿರುವಂತೆನಿಸುತ್ತದೆ.

Twitter ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮೀರಿರಬಹುದು ಅಥವಾ ಕ್ಷಣಿಕವಾದ ತೊಂದರೆಯನ್ನು ಅನುಭವಿಸುತ್ತಿರಬಹುದು. ಮತ್ತೆ ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗೆ Twitter ಸ್ಥಿತಿಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿ.

    ಇದನ್ನೂ ಸಹ ನೀವು ಇಷ್ಟಪಡಬಹುದು

    ·