Jmol

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Vue d'ensemble

Jmol est un outil de visualisation de molécules gratuit, open source pour les étudiants, les éducateurs et les chercheurs en chimie et en biochimie. Il est multi-plateformes, fonctionnant sous Windows, Mac OS X et les systèmes Linux/Unix.

• JmolApplet est une applet pour navigateur web qui peut être intégrée dans des pages web.
• L'application Jmol est une application Java indépendante qui fonctionne sur le bureau.
• JmolViewer est un kit de développement qui peut être intégré dans d'autres applications Java.

Jmol Version 11

Jmol Version 13.0 a été livré.

Ce que disent les critiques

Jmol v10: Je ne peux pas croire que c'est du Java!
Mais c'est aussi open-source, il n'y a donc pas de question à ce propos.
Obtenez votre copie maintenant, avant qu'ils ne soient à court des ces trucs machine virtuelle Java.
C'est juste à temps (JIT) pour Noel, d'après ce que j'entends!

Warren L. DeLano, shell-shocked C/Python developer
Principal Scientist, DeLano Scientific, Auteur de PyMOL
Décembre 2004.

Caractéristiques de Jmol v10.2

• Logiciel gratuit, open-source sous licence GNU Lesser General Public License
• Applet, Application et Intégration Système de Composant
  • JmolApplet est une applet de navigateur web qui peut être intégrée dans des pages web. Elle est idéale pour le développement de cours sur le web et de bases de données chimiques accessibles sur le web. JmolApplet fournit un moyen de mise à jour pour les utilisateurs du plug-in Chime.
  • L'application Jmol est une application Java indépendante qui fonctionne sur le bureau.
  • JmolViewer peut être intégré en tant que composant dans d'autres applications Java.
• Multi-plateformes
  • Windows
  • Mac OS X
  • Linux/Unix
• Supporte tous les navigateurs web majeurs
  • Internet Explorer (Win32)
  • Mozilla/Firefox (Win32, OSX, *nix)
  • Safari (Mac OS X)
  • Opera 7.5.4 (Win32 seulement)
• Dessin 3D haute-performance sans nécessité de matériel particulier
• Formats de fichier
  • CIF/mmCIF - standard de l'Union Internationale de Cristallographie
  • CML - Chemical Markup Language
  • GAMESS - Gordon Research Group, Iowa State University
  • Gaussian 94/98/03 - Gaussian, Inc.
  • Ghemical
  • HIN - HyperChem from Hypercube, Inc.
  • Jaguar - Schrodinger, LLC
  • MOL/SDF - MDL Information Systems, Inc.
  • MOPAC 93/97/2002 - Schrodinger, LLC
  • PDB - Protein Data Bank
  • Q-Chem - Q-Chem, Inc.
  • SHELX
  • Spartan - Wavefunction, Inc.
  • Ghemical
  • NWChem
  • XYZ
  * Les fichiers compressés avec gzip sont automatiquement décompressés
• Animations
• Vibrations
• Support basique de la cellulaire unitaire
• Formes schématiques pour les structures secondaires
• Mesures
  • distance
  • angle
  • angle de torsion
• Support du langage de script RasMol/Chime
• Librairie de support JavaScript
• Export en .jpg, .pdf et PovRay

Listes de diffusion

Les personnes intéressées par la visualisation moléculaire, en particulier les communautés de l'éducation et de la recherche, sont encouragées à rejoindre la liste de diffusion mail jmol-users où vous pourrez partager des idées et des expériences, demander de l'aide et nous faire un retour. Les archives de jmol-user peuvent être une référence utile.

Les personnes sérieusement intéressées pour participer devraient rejoindre la liste de diffusion mail jmol-developers où vous pourrez demander de nouvelles fonctions ou modifications, discuter de l'implémentation, soumettre des patches, ou contribuer avec du code. Vous pouvez aussi parcourir les archives jmol-developers .

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