Alison Feder

@AlisonFeder

Berkeley, CA
ocf.berkeley.edu/~afeder
ಮೇ 2014 ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸೇರಿದ್ದಾರೆ
31 ಫೋಟೋಗಳು ಅಥವಾ ವೀಡಿಯೋಗಳು ಫೋಟೋಗಳು ಮತ್ತು ವೀಡಿಯೋಗಳು

ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳು

ನೀವು @AlisonFeder ಅವರನ್ನು ತಡೆಹಿಡಿದಿರುವಿರಿ

ಈ ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು ನೀವು ಖಚಿತವಾಗಿ ಬಯಸುವಿರಾ? ಟ್ವೀಟ್ ವೀಕ್ಷಣೆಯು @AlisonFeder ಅವರ ತಡೆತೆರವುಗೊಳಿಸುವುದಿಲ್ಲ

  1. ಡಿಸೆಂ 16

    We're getting some good feedback! We'll post an updated version soon!

    We have a new paper on bioRxiv today. It’s not a paper I was planning to write during my first semester as a postdoc. (1/n)
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    4 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 19ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  2. ಡಿಸೆಂ 14

    I also had many valuable conversations with colleagues (esp officemate and co-authors and ), and I feel like I have a better understanding of the system than when we wrote the original paper. 15/15

    2 replies 3 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 35ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  3. ಡಿಸೆಂ 14

    I had an excuse to try out SLiM (it rocks, + Ben Haller). I read some cool new (well, old) papers. I learned about Rapoport’s rules: (h/t Noah Rosenberg). 14/

    1 reply 4 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 33ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  4. ಡಿಸೆಂ 14

    It’s not fun to have your work criticized, but I’m trying to look at the positives of writing the paper: 13/

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 12ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  5. ಡಿಸೆಂ 14

    In summary, Harris et al present a reasonable hypothesis, but it doesn’t fit within the constraints of the HIV system. I think the authors missed some important parts of the HIV literature. 12/

    1 reply 2 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 9ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  6. ಡಿಸೆಂ 14

    In order for resistance to increase so *predictably*, theta must also be large. If the probability of a sweep across populations is so high (as it was early in the HIV epidemic), those sweeps are probably soft. 11/

    1 reply 7 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 15ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  7. ಡಿಸೆಂ 14

    In order for resistance to increase so *quickly*, s must be large. When selection is so fast, recombination has little time to operate. 10/

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 11ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  8. ಡಿಸೆಂ 14

    It turns out that HIV fixes mutations in response to bad therapies really quickly and predictably. Here’s some data from ~20 patients treated with FTC in the early 1990s: 9/

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 5ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  9. ಡಿಸೆಂ 14

    This is a totally valid hypothesis. It’s one we considered when writing the paper, and I mention it when I give talks about the work. I don’t think it explains diversity maintenance in HIV under bad drugs. 8/

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 2ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  10. ಡಿಸೆಂ 14

    Then, recombination could rescue more diversity during sweeps to bad drugs than good ones. Here’s a comparison of our models: 7/

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 3ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  11. ಡಿಸೆಂ 14

    Harris et al claim higher post-sweep diversity after early therapies could be generated if sweeps to bad drugs were slower and followed larger population bottlenecks, while sweeps to good drugs were faster and followed more severe bottlenecks. 6/

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 2ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  12. ಡಿಸೆಂ 14

    We interpreted this as evidence of a decrease in the population mutation rate, and a shift from soft to hard sweeps. We published this in 2016: 5/

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 5ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  13. ಡಿಸೆಂ 14

    We followed up and found that early in the HIV epidemic, when drugs failed often due to drug resistance, HIV populations fixed mutations without a loss of diversity. As drugs improved, more diversity was lost after fixation of resistance. 4/

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 7ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  14. ಡಿಸೆಂ 14

    Some background: In 2014, Pennings, Kryazhimskiy and Wakeley published clear, haplotype-based evidence of soft sweeps in response to poor therapies and speculated sweep softness might be related to therapy efficacy. 3/

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 8ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  15. ಡಿಸೆಂ 14

    Harris et al posted a paper in October called “On the unfounded enthusiasm for soft sweeps II,” in which they presented an alternative explanation for a pattern I observed in my first PhD chapter. 2/

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 3ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  16. ಡಿಸೆಂ 14

    We have a new paper on bioRxiv today. It’s not a paper I was planning to write during my first semester as a postdoc. (1/n)

    1 reply 68 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 170ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  17. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಡಿಸೆಂ 14

    Learned a lot from as she wrote this. Fig 2 is now my go-to example of evolution on human timescales. Fast & repeatable

    The clarifying role of time series data in the population genetics of HIV
    8 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 29ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  18. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 24

    Cool work from and colleagues! Long-term coexistence and regional heterogeneity of antibiotic-resistant infections reproduced by a simple spatial model

    1 reply 3 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 7ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  19. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 16

    I've spent 45 minutes trying to compose a tweet that expresses how amazing is, and I’ve completely failed. All I can say is that Kerry is truly remarkable, and that you can't ask for a better mentor or scientist to work with. Go join the Geiler-Samerotte lab!

    The Geiler-Samerotte lab is recruiting graduate students and postdocs! Graduate students apply here by December 1rst: Postdocs apply here:
    1 reply 13 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 38ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  20. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 10

    Thanks, for sending me papers with sweeps in HIV :-) In the left pic there appears to be no linkage between two rsistance mutations sweeping, whereas in the other, there appears to be CI happening. Kellam et al 1994.

    1 reply 3 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 12ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು

@AlisonFeder ಅವರು ಇನ್ನೂ ಟ್ವೀಟ್ ಮಾಡಿಲ್ಲ.

ಲೋಡಿಂಗ್ ಸಮಯ ಸ್ವಲ್ಪ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತಿರುವಂತೆನಿಸುತ್ತದೆ.

Twitter ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮೀರಿರಬಹುದು ಅಥವಾ ಕ್ಷಣಿಕವಾದ ತೊಂದರೆಯನ್ನು ಅನುಭವಿಸುತ್ತಿರಬಹುದು. ಮತ್ತೆ ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗೆ Twitter ಸ್ಥಿತಿಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿ.

    ಇದನ್ನೂ ಸಹ ನೀವು ಇಷ್ಟಪಡಬಹುದು

    ·