Donovan Parks

@donovan_parks

Bioinformatic consultant interested in microbial phylogenetics and ecology, information visualization, and machine learning.

Canada
ಆಗಸ್ಟ್ 2011 ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸೇರಿದ್ದಾರೆ
6 ಫೋಟೋಗಳು ಅಥವಾ ವೀಡಿಯೋಗಳು ಫೋಟೋಗಳು ಮತ್ತು ವೀಡಿಯೋಗಳು

ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳು

ನೀವು @donovan_parks ಅವರನ್ನು ತಡೆಹಿಡಿದಿರುವಿರಿ

ಈ ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು ನೀವು ಖಚಿತವಾಗಿ ಬಯಸುವಿರಾ? ಟ್ವೀಟ್ ವೀಕ್ಷಣೆಯು @donovan_parks ಅವರ ತಡೆತೆರವುಗೊಳಿಸುವುದಿಲ್ಲ

  1. ಡಿಸೆಂ 2

    Great tool! It has quickly become a corner stone in my bioinformatic toolkit.

    Our latest: Are microbial species actually a thing? FastANI gives us a peek. More great work from . Great to see this published!
    6 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 37ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  2. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 30

    We're hiring! Like to code? Interested in science? We'd love to hear from you. Please retweet.

    1 reply 47 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 26ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  3. ನವೆಂ 6

    Looking for an interactive bacterial tree of life enabling the visualization of millions of functional annotations? Give AnnoTree a spin.

    23 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 47ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  4. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಅಕ್ಟೋ 22

    The is recruiting a postdoc to study dioxane degradation in contaminated and municipal waste environments! Please RT to your excellent microbial folk.

    86 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 50ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  5. ಅಕ್ಟೋ 24

    Recordings of all the Microbial Taxonomy Workshop webinars are up at , including my talk about the GTDB.

    2 replies 29 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 55ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  6. ಅಕ್ಟೋ 22

    That's me! Come watch my presentation on the GTDB. It starts at 9PM PST.

    FOURTH seminar on microbial taxonomy for the next decade! on Zoom . Monday, October 22, @ 4 pm GMT: Efforts to scale and systematize taxonomy in the 21st century Genome Taxonomy Database - Donovan Parks The seminars available at
    3 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 4ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  7. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಅಕ್ಟೋ 17

    Our MGII Archaea paper is out, showcasing taxonomy assignments, genus level niche adaptations, proteorhodopsin overwrite mechanism, etc. with , , , Justin R. Seymour, and others

    2 replies 9 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 20ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  8. ಅಕ್ಟೋ 15

    Starting now!

    Get involved! Microbial taxonomy for the next decade! Join Zoom at . Monday, October 15, @ 4 pm GMT: Do we need a new system? Opinions .. Barny Whitman And Kostas Konstantinidis Seminars available at
    1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 3ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  9. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಸೆಪ್ಟೆಂ 30

    Monday, October 1, @ 4 pm GMT: What's in a name? The importance (and limitations) of formal codes of taxonomic nomenclature. Barny Whitman, John Freudenstein (with help from Chris Lane). Please join us on the Zoom platform at .

    5 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 6ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  10. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಸೆಪ್ಟೆಂ 26

    Seal slaps a kayaker in the face with an octopus

    226 replies 6,363 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 17,974ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  11. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ನವೆಂ 30,2015

    Potentially VERY serious NCBI blastp bug Has anyone else seen this?

    13 replies 37 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 25ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  12. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಜುಲೈ 24

    A major hindrance to fleshing out the tree of life is the inability to formally describe taxa without isolate "type material", as the Int'l Code of Nomenclature of Prokaryotes does not recognize MAGs alone. Here, proposes a way forward.

    1 reply 17 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 18ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  13. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಸೆಪ್ಟೆಂ 21

    GTDB-Tk v0.1.3 has been released along with improved documentation. This version addresses issues resulting in occasional missed species assignments. We recommend all users update to this version.

    19 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 24ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  14. ಸೆಪ್ಟೆಂ 21

    Nice approach for using large-scale mining of specific genes to identify novel lineages of important metabolic genes via

    24 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 46ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  15. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಸೆಪ್ಟೆಂ 12

    Mistakes were made! Revised files for the 16S rRNA genes released as part of GTDB 03-RS86 have been made available. Sorry for the inconvenience. Better QC practices are now in place.

    8 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 7ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  16. ಸೆಪ್ಟೆಂ 12

    Official Genome Taxonomy Database (GTDB) Twitter account is now active . Follow for information on new releases and community announcements.

    1 reply 16 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 19ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  17. ಆಗ 30

    No direct dump. The new MAGs from this study are on the GTDB website, but should be up on INSDC (i.e.. NCBI/EBI/DDBJ) shortly under BioProject PRJNA417962. All other genomes can be downloaded from INSDC repositories.

    @donovan_parks @torstenseemann ಅವರಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸುತ್ತಿದ್ದಾರೆ
    congrats — is there a dump of the deduplicated genomes used? (available via eg ftp)
    2 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 7ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  18. ಆಗ 27

    Good day! Genome Taxonomy Database (GTDB) manuscript is out:

    1 reply 77 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 167ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  19. ಅವರು ಮರುಟ್ವೀಟಿಸಿದ್ದಾರೆ
    ಆಗ 25

    Very exciting finding. Future research on the biochemical pathway(s) involved in cyanobacteria-derived CH4 formation urgently needed. Widespread formation of methane by Cyanobacteria in aquatic and terrestrial environments

    4 replies 48 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 82ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  20. ಆಗ 14

    Phil is presenting GTDB at 12:30 today in Exhibition Hall 2

    @archaearama ಅವರಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸುತ್ತಿದ್ದಾರೆ
    OK, let's start by agreeing that we need something, but we need it soon, but we can't wait for them to decide things... Why not just use something that already exists and kind of works, like GTDB?! How come it's not talked of?...
    1 reply 7 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 10ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು

@donovan_parks ಅವರು ಇನ್ನೂ ಟ್ವೀಟ್ ಮಾಡಿಲ್ಲ.

ಲೋಡಿಂಗ್ ಸಮಯ ಸ್ವಲ್ಪ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತಿರುವಂತೆನಿಸುತ್ತದೆ.

Twitter ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮೀರಿರಬಹುದು ಅಥವಾ ಕ್ಷಣಿಕವಾದ ತೊಂದರೆಯನ್ನು ಅನುಭವಿಸುತ್ತಿರಬಹುದು. ಮತ್ತೆ ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗೆ Twitter ಸ್ಥಿತಿಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿ.

    ಇದನ್ನೂ ಸಹ ನೀವು ಇಷ್ಟಪಡಬಹುದು

    ·