Eric Fauman

@Eric_Fauman

Scientist, Parent. Background in X-ray crystallography & structural biology. Current obsession is the biological interpretation of GWAS. All views my own.

scholar.google.com/citations?user…
ಡಿಸೆಂಬರ್ 2013 ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸೇರಿದ್ದಾರೆ
67 ಫೋಟೋಗಳು ಅಥವಾ ವೀಡಿಯೋಗಳು ಫೋಟೋಗಳು ಮತ್ತು ವೀಡಿಯೋಗಳು

ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳು

ನೀವು @Eric_Fauman ಅವರನ್ನು ತಡೆಹಿಡಿದಿರುವಿರಿ

ಈ ಟ್ವೀಟ್‌ಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು ನೀವು ಖಚಿತವಾಗಿ ಬಯಸುವಿರಾ? ಟ್ವೀಟ್ ವೀಕ್ಷಣೆಯು @Eric_Fauman ಅವರ ತಡೆತೆರವುಗೊಳಿಸುವುದಿಲ್ಲ

  1. ಡಿಸೆಂ 18

    Of course p-values this extreme lose statistical interpretation but more of our GWAS will be leading to p-values of this magnitude. Excel, R and other common applications have issues with numbers like these, but we need to be prepared to appropriately handle these associations.

    3 replies 6ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  2. ಡಿಸೆಂ 18

    Why is this an issue? I think it affects the interpretation of the lead SNPs. I think this sentence from the paper is incorrect as it looks like the coding variant *is* the most significant at MC1R. All the MC1R SNPs were assigned the same p-value even though the zstats differ

    1 reply 8ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  3. ಡಿಸೆಂ 18

    Why didn't this come out in the recent on red hair color published last week: ? I think it's because of the underflow issue that capped all extreme p-values arbitrarily to 2.25e-308

    2 replies 5ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  4. ಡಿಸೆಂ 18

    The most extreme p-value I've found is 4e-9952. Over 3 orders of magnitude _of orders of magnitude_ more extreme than our standard GWAS cutoff of 5e-8. The trait is "red hair" and the SNP is the R151C missense mutation in MC1R

    1 reply 7ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  5. ಡಿಸೆಂ 18

    If you're not a fan of extreme p-values in you can stop reading right here. But since I've been following the Manhattan plots generated by from the group I thought I'd "skip to the end" and look up most extreme p-value for any trait/any SNP 👇

    5 replies 14 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 52ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  6. ಡಿಸೆಂ 16

    As a Pfizer scientist I work alongside talented immigrants from all over the world. - why are you advertising on Tucker Carlson? Do you support his views on immigrants? What message are you sending to our colleagues and customers?

    Pacific Life pulls advertisements from Tucker Carlson's show after "poorer and dirtier" immigration comment
    4 replies 17 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆಗಳು 40ಇಷ್ಟಗಳು
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  7. ಡಿಸೆಂ 11

    In a robust GWAS the underlying biology comes screaming through. Simply looking at the closest gene to each lead SNP turns up good enrichment for relevant pathways:

    1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 3ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  8. ಡಿಸೆಂ 11

    A crude distance cutoff (500kb) yields 270 lead SNPs with p < 5e-8. Here are the top 20 loci, simply annotated with the closest gene:

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 1 ಇಷ್ಟ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  9. ಡಿಸೆಂ 11

    A nice example of what's possible in an automated analysis of the UKBB data, but the definitive reference for this trait is from the meta-analysis of UKBB+Interval by , and colleagues

    Reticulocyte count Description: Download:
    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 2ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  10. ಡಿಸೆಂ 6

    4 of the 5 hits are also hits in the bone mineral density GWAS. The last, leptin receptor, may have a role in bone repair. - any thoughts?

    1 reply 2ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  11. ಡಿಸೆಂ 6

    Knee Arthrosis, Hip Arthrosis and Wrist Fracture - could there be a connection? Spoiler alert, no overlapping signals, but all 5 hits for this GWAS by a biological interpretation

    Fractured bone site(s): Wrist Description: Download:
    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  12. ಡಿಸೆಂ 5

    Interestingly, no apparent overlap with the hits from last week's GWAS on knee arthrosis. I don't know enough about the etiology of either disease to know if this makes sense. Hits today tend to focus more on limb development and less on bone mineral density.

    1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 1 ಇಷ್ಟ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  13. ಡಿಸೆಂ 5

    6 of the top hits for the GWAS of hip arthrosis implicate genes known to be causal for rare diseases involving bone development (according to

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 2ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  14. ಡಿಸೆಂ 5

    Good overlap with known bone development genes. Undoubtedly much new biology to be learned here as well:

    Diagnoses - main ICD10: M16 Coxarthrosis [arthrosis of hip] Description: Download:
    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 4ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  15. ಡಿಸೆಂ 4

    And one of my favorite figures that links pretty much all the loci implicated by this GWAS

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 5ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  16. ಡಿಸೆಂ 4

    Basically all these loci are very well explained in this excellent review by my favorite twitterer, Genetics of coronary artery disease: discovery, biology and clinical translation: First author:

    1 reply 1 ಮರುಟ್ವೀಟಿಸುವಿಕೆ 4ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  17. ಡಿಸೆಂ 4

    Basically looks like a solid GWAS on cholesterol levels with maybe some T2D risk thrown in as well:

    1 reply 1 ಇಷ್ಟ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  18. ಡಿಸೆಂ 4

    In which we find genetic support for 2 current cholesterol lowering therapies

    Medication for cholesterol, blood pressure, diabetes, or take exogenous hormones: Cholesterol lowering medication Description: Download:
    1 reply 5ಇಷ್ಟಗಳು
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  19. ಡಿಸೆಂ 3

    So this GWAS illustrates two themes I've gleaned from reviewing all of 's output: 1) The closest gene is most often the correct causal gene, and 2) hit weaker than about 1e-10 are suspect because of the sheer number of traits considered. Thoughts?

    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು
  20. ಡಿಸೆಂ 3

    The 5th hit is barely above genome-wide significance and sits in the gene CPS1. CPS1 has come up in numerous GWAS for metabolic traits (e.g., glycine) but this SNP is not in LD with those SNPs. My best guess is that the hit here is spurious.

    1 reply
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ಈ ಥ್ರೆಡ್ ತೋರಿಸಿ
    ರದ್ದುಗೊಳಿಸು

@Eric_Fauman ಅವರು ಇನ್ನೂ ಟ್ವೀಟ್ ಮಾಡಿಲ್ಲ.

ಲೋಡಿಂಗ್ ಸಮಯ ಸ್ವಲ್ಪ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತಿರುವಂತೆನಿಸುತ್ತದೆ.

Twitter ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮೀರಿರಬಹುದು ಅಥವಾ ಕ್ಷಣಿಕವಾದ ತೊಂದರೆಯನ್ನು ಅನುಭವಿಸುತ್ತಿರಬಹುದು. ಮತ್ತೆ ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಗೆ Twitter ಸ್ಥಿತಿಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿ.

    ಇದನ್ನೂ ಸಹ ನೀವು ಇಷ್ಟಪಡಬಹುದು

    ·