זהו החיבור הלא-מקראי הארוך ביותר שנתגלה בין מגילות מדבר יהודה, והקטע העיקרי שהשתמר ממנו מופיע על אחת המגילות הארוכות ביותר שנתגלו (19Q11). ארבעה כתבי-יד נוספים מיוחסים לחיבור זה, אף כי ייתכן ששניים מהם שייכים לחיבור אחר שתכניו דומים. מגילת המקדש כוללת ניסוח מחודש של מצוות התורה כדי שתתאמנה לרוח ספר דברים. כך שואף החיבור ליישב כמה סתירות המופיעות בחוקי התורה. כמו כן הוא מרחיב בנוגע לחוקים אחרים. הדגש הוא על חוקי הפולחן הנוגעים למקדש ולעבודת הקודש בו. חלק ניכר מן החיבור מוקדש לתיאור אדריכלי של המקדש ושל העיר ירושלים. מידות הענק של המקדש ושל העיר מעניקות לטקסט אופי דמיוני, אף שברור כי המחבר לא ראה בתיאורו חזון אוטופי של אחרית הימים אלא תיאור של המקדש ושל הפולחן שראוי שיתקיימו עוד בימיו. על כך מעיד תיאור של מקדש גדול אף יותר, שאותו יבנה האל באחרית הימים. מקורו של הטקסט שנוי במחלוקת, ולא ברור אם מגילת המקדש היא טקסט כיתתי או חיבור מוקדם שאומץ מאוחר יותר כחיבור סמכותי על ידי עדת המגילות. החוקים במגילה תואמים לעתים קרובות את החוקים המופיעים בחיבורים כיתתיים אופייניים, כמו ברית דמשק וסרך היחד, אף כי קיימים ביניהם הבדלים.